船橋五階～第三船倉（エンディング）
船橋五階 操舵室[Deck-E, the bridge]
操舵室に戻ったらUSPの弾を拾って下の階へ。HARD以上だとくしゃみが出る可能性があるため、出てしまったら風邪薬を使う。
船橋四階 居住区[Deck-D, crew’s quarters]
2周目以降ならサプレッサー付USPで赤外線センサーの制御装置（緑のランプ）を破壊すると近道。センサーを解除したら廊下の奥にいる敵兵が反対に移動した時に通過するか、追いかけてホールドアップ。3階へ下りる。
HARD・EXTREME
食料庫前に敵兵士がいるため、二人とも眠らせてセンサーを越えるか、下記方法で抜ける。
5階から下りてきたら止まらずにすぐ食堂に入る。この時、必ず監視カメラが右側を向いているため監視カメラの左側を走って抜ける。
すると、ちょうど食堂に入ってくる兵士の真横を通る形になるが全く相手にされない。すぐに北側出入口から食堂を出て階段を下りる。
ちなみにEXTREMEでは敵のルートが少しだけ異なるが、同じ方法で進んでも見つからずに抜けることができる。
船橋三階 居住区[Deck-C, crew’s quarters]
NORMAL
4階から降りてくると目の前を敵兵士が横切る。即ホールドアップさせて眠らせるのが無難。
できなかった場合は戻ってきたときに眠らせる。ただし監視カメラの下で眠らせると監視カメラに見つかり応援兵がくるので要注意。
HARD・EXTREME
監視カメラが動くためすぐに追いかけてホールドアップするのは難しい。ホールドアップせずに後をつけて避けることもできるが、東側に移動して待機して起き、敵兵士が戻ってきたときに対処するのが無難。
船橋二階 居住区[Deck-B, crew’s quarters]
特に何もないのでそのまま1階へ向かう。
船橋一階 リフレッシュルーム[Deck-A, crew’s lounge]
NORMAL
階段の上から下を主観で監視し、左側から歩いてくる敵兵士が見えたらM9で眠らせるのが無難。
そのまま右舷廊下へ走り、下への階段を下りる。
HARD・EXTREME
カウンター前にもう1人敵兵士がいるので要注意。
階段の上から下を主観で監視し、左舷の敵兵を眠らせた後、主観視点でカウンター前の敵兵がカウンター側を向いたのを確認してから右舷廊下へ移動。
EXTREMEの場合はすぐに飛び出ると、この敵兵に発見されてしまうので要注意。
敵兵士をかわしたら右舷廊下へ向かい、下への階段を下りる。
機関室[Engine room]
最初の廊下で北へ進むと前作で登場したバルカン・レイブンの影が映る。
その場でオタコンに無線連絡するとレイブンかどうかという会話が聞ける。実際はただのフィギュアが置かれているだけという粋な演出。レイブンは銃で撃つと「あはははは」と言いながらBB弾らしき弾を撃つ。
余談はさておき、機関室に入るとすぐに敵兵士が1人背を向けている。ドッグタグを集めるならホールドアップ。
ローリングすると落下死させることもでき、なおかつ下層の敵兵士に直撃して気絶させることができる。ただし下層の敵兵士は気絶するだけ。
この敵兵士は一度マップを切り替えると消滅するらしい。
ちなみに北端を走るワイヤーを利用すると右舷から左舷までショートカットすることも可能。ただし落下時にダメージを受けるうえに難易度が高くなると発見されやすいので要注意。
EXTREME
機関室中央にいる「HARD以下ではグラビアポスターを見ている敵兵士」が最下層を巡回するようになる。右舷まで移動してくるので、右舷・最下層に下りた際には要注意。
共通
左舷から機関室を出て北に進むと、開かなかった扉を修理した敵兵士が出現。
主観で狙っておき、敵兵士が見えたらすぐに打つ。もしくは赤外線センサー前のロッカーに入り、敵兵士が通過していくのを待ってから対処するのもアリ。
なお、敵兵士が修理した扉を使うと船橋一階リフレッシュルームの西側に出る。とはいえ特に用もないのでドッグタグの入手漏れなどがない限り戻る必要は無い。
ロッカーの北側に奥へと進む扉があるが、赤外線センサー（セムテックス）が設置されている。ここはホフクで抜けることもできないので、制御装置をUSPで壊して通過する。制御装置はそれぞれV.EASY＝1個、EASY＝2個、NORMAL以上＝3個。
第二甲板 左舷[Deck-2, port]
タンカーがベラザノ橋を通過したとのアナウンスが入る。
（本来はベラザノ橋までに任務を遂行して回収してもらう予定だったが遅れている。ただしプレイ時間は関係ない。）
USPはフラッシュライトがつくのでかなり手前で気が付かれるなど注意が必要。基本的にはM9で進んだほうが無難。
敵兵士とは距離があるので遠くから狙えば簡単に対処できる。
ドッグタグを集める場合、1人目はかなり手前（南側）まで来るので要注意。東側にアイテムが落ちているスペースが数ヶ所あり、パイプの裏側は張り付き移動すると入ることができるが、ここでは隠れていることにならず敵兵士が通過すると見つかってしまう。
少し時間は掛かるが1人目が南側まで移動してきてUターンし、北側に向かうところを後ろからホールドアップするのが無難。
2人目の音楽を聴いている敵兵士はそのままホールドアップしてもいいし、東側に切り替えした時に後ろからいってもいい。
3人目の眠りかけている敵兵士は眠っているタイミングで正面からホールドアップすればOK。
少し離れたところから主観で監視して「Zzz」が出てくるか、レーダーで視界が消えたら寝ている証拠。
この後、強制戦闘があるので弾薬とレーション（EXTREMEでは敵兵から）を補充しておき右舷へ移動する。
第二甲板 右舷[Deck-2, starboard]【小ボス戦】
弾薬が落ちているので足りなければ入手しておく。
しばらく南に進むとイベントが発生。強制的に戦闘となる。
ゴルルコビッチ部隊
常時2～3名の兵士が攻撃してくる。銃撃のほかにグレネードを投げてきたりライトを消してきたりする。
移動できる範囲が狭いので奥行きと箱をうまく活用しながら攻撃していく。
箱の後ろでしゃがんで戦う場合、攻防共に安定しているのはL2の覗き込みで、左側の敵兵士はほぼ１対１で戦える。
左側の敵兵士を倒せば（奥にいる敵兵士を除いて）他の敵兵士が移動してくるので、続けて倒すことができる。
一番奥にいる敵兵士は定期的にグレネードを投げてくるが、投げられたら一番後ろまで移動すれば簡単に回避できるので後回しでも構わない。
敵兵士をEASY以下＝4人、NORMAL＝5人、HARD＝8人倒すと、ほんの数秒した後に3人の敵兵がこちらに突っ込んでくる。主観でよく見ておくと狙いやすいが、直前にスタン・グレネードをを投げておくとより簡単に倒せる。
EXTREME
敵兵士の数はHARDと同じで8人+突っ込んでくる3人。
基本的には他の難易度と同じでL2の覗き込みで左側にいる敵兵を倒していくのがおすすめ。
奥の敵兵士にグレネードを投げられたら箱から離れて逃げたほうがいいが、爆発後すぐに戻ろうとすると他の敵兵士が攻撃してくるので要注意。EXTREMEではすぐにライフが減ってしまうので爆発を避けた後は銃撃が止むまで中腰で待つか、ホフクで箱まで戻るとよい。
共通
戦闘が終わると、いよいよ新型メタルギアが格納されている船倉部へ進む。
これ以降は戻ることができないのでドッグタグの入手漏れがあった場合はもう一度やるしかない。
第一船倉[Hold No.1]
演説を聞いている海兵隊員たちを上から見下ろし、オタコンとの無線連絡に入る。
演説が終わるまでに新型メタルギアの写真を撮影してオタコンに送る必要があるため、制限時間が発生する。
イベントが終わるとカウントダウンが始まるので迅速に行動したい。
新型メタルギアが格納されている第三船倉までのルートはいくつかあるが、基本的には北を目指す。
まずは梯子で下まで下りる。
映写機の下をホフクで移動して西側に移動。近くにいる隊員は問題ないが、不安ならM9で眠らせておくとスムーズ。西側に移動したら奥へ向かうが、邪魔な隊員は全部眠らせてしまうのが無難。特にHARD、EXTREMEでは巡回している隊員が1人いるので要注意。また金網の上を走ると音がなって近くの敵兵士が近づいてくるため、金網の上はゆっくり歩いて移動するか、ローリングで抜ける。
第二船倉へ。
共通
演説の時間はドルフ司令官のアドリブによって伸びる。とはいえ余程のことがない限り時間的な余裕はあるはず。
演説を聞いている海兵隊員たちは殺しても発見されてもミッション失敗となる。ただし眠らせるのと気絶させるのはOK。
初めてゲームオーバーになるとスネークが海兵隊員たちに囲まれるシーンを見ることができる。直前でセーブしておけば一度くらいは見てみてもいいかもしれない。
第二船倉[Hold No.2]
海兵隊員たちは一定のタイミングで左右に視点を移動させる。
まずはプロジェクターの下を通って東側へ移動。演説で首の運動とか言い始めたら危険なので、離れてしばらく待ったほうがいい。北東から第三船倉へ移動。
HARD・EXTREME
北東に巡回兵が1人追加されるので要注意。先に主観で遠くから眠らせてしまうと楽。
第三船倉[Hold No.3]
いよいよ新型メタルギアが格納されている第三船倉。
ここでメタルギアRAYの写真を正面・左前・右前・右わきにあるMARINESのマークの合計4枚撮る。順番は関係ない。
一番スムーズな順番は、まず入ったその場で左前からのカットを撮影。
うまく撮れているとスネークがつぶやくので、それが聞こえたら成功。ズームなどを使う必要はない。
そのまま演説を聞いている海兵隊員たちの後ろへ回り、正面を撮影。
その流れで左側にある中継カメラ台の脇に移動して右前を撮影。
最後に奥まで進むとMARINESのマークが見えるので撮影。
これですべて完了。
あとは南東にある端末から写真を送信。オタコンのOKが出ればイベントとなり、タンカー編は終了。
HARD
東側に巡回兵が1人追加されるため、奥に移動した時に眠らせてしまうのが無難。
EXTREME
東側（下層）から第三船倉に入ってきた場合は注意。写真を送る端末の前に海兵隊員が1人立っているため眠らせないと写真の送信ができない。
タンカー編・クリア特典
本作ではタンカー編だけをプレイすることも可能。
スネークが集めたドッグタグの数によってクリア特典（クリアアイテム）がもらえる。詳細は下記にて。
クリア特典
続けてプラント編をプレイする場合はプラント編も攻略！
プラント編
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