タンカー編

『シャドーモセス事件』から生還したソリッド・スネークとオタコン（ハル・エメリッヒ）は反メタルギア組織「フィランソロピー」のメンバーとしてメタルギアの根絶に尽力していた。

そんなある日、彼らは新型メタルギアが極秘裏に輸送されているという情報を掴む。
スネークはジョージ・ワシントン橋からステルス迷彩をまといハドソン川へ・・・
新型メタルギアを輸送していると思われるタンカーへと降り立った。

時を同じくして謎のロシア兵が侵入、タンカーを占拠した。
後に『シャドーモセス事件』でリボルバー・オセロットと合流を目論んでいたセルゲイ・ゴルルコビッチ大佐の部隊だと分かる。

操舵室でタンカーの行き先を調べたスネークは甲板にいたオルガ・ゴルルコビッチと接触し、戦闘。
いよいよ新型メタルギアが格納されていると思われる船倉へと向かった。

スネークが船倉に到着するのとほぼ同時に地上へ続く経路はゴルルコビッチ大佐の部隊によって制圧。しかし地下の船倉でドルフ海兵隊司令官の演説を聞いている隊員たちは知る由もない。

そして船倉の奥深く、ドルフ司令官が演説をするまさにその会場に新型メタルギアが格納されていた。
海兵隊が極秘裏に開発を進めていた新型メタルギア『RAY（レイ）』。

その動かぬ証拠として写真を撮影したスネークは脱出を試みた。
しかし、ドルフ司令官の演説が終わるとオセロットとゴルルコビッチ大佐が姿を現した。ゴルルコビッチ大佐と手を組んでいたかに思われたが、オセロットだが、真の狙いは新型メタルギアRAY（レイ）。

ゴルルコビッチ大佐を手にかけると、そのままタンカーに仕込んだ爆弾を爆発させ、メタルギアを奪取した。
しかし、同時にオセロットの右腕にリキッド・スネークが寄生していたことが発覚。沈みかけるタンカーでソリッド・スネークとオセロット、そしてリキッド・スネークが再び対峙。

オセロット（リキッド）はメタルギアに乗り込んで脱出。

スネークは沈没していくタンカーで行方が分からなくなってしまった。