プラント編

2年前に発生したタンカー沈没事件によって大量の原油が流出したため、政府は巨大海上除染施設『ビッグ・シェル』を建造した。

2007年4月29日、その『ビッグ・シェル』が突如としてテロリストに占拠された。
テロリストは海軍特殊部隊（SEALS）内の対テロ訓練部隊『デッドセル』の元メンバー達とロシアの私兵部隊。
そしてテロリストの首謀者は「ソリッド・スネーク」と名乗っている。

ビッグ・シェルが占拠されただけでなく、ジェームズ・ジョンソン大統領をはじめとする環境保護団体のVIPらが人質となってしまった。彼らの要求は現金300億ドル。

決して公にはできない極秘単独潜入任務（スニーキングミッション）を任されたのがスネークこと、コードネーム『雷電』。

雷電の任務は2つ。
ビッグ・シェルに単独潜入して大統領と人質を救出すること。
そしてテロリストの武装解除をすること。

こうしてビッグ・シェル内部への潜入に成功した雷電は自らの役割を果たすため、大佐の指示を仰ぎながら任務を遂行していく。