シェル2中央棟1F～シェル1中央棟B2
シェル2中央棟1F 空気清浄室[Shell 2 Core, 1F Air P Purification Room]
敵兵士が巡回するようになる。
ノードのある北西の部屋に1人、NORMAL以上では西側通路にも1人。EXTREMEでも人数は同じだが2人は通路を巡回するようになる。
エマを待たせておき、先に移動して敵を倒しておくのが無難。またNORMAL以上では南西まで進むとエレベーターから敵兵が追加で出現するので、エマを放置したままにして見つからないように注意。ちなみにエマが座り込んでしまった場合はエマに体当たりして立たせたほうが早く移動できる。
マップ南側の箱が積んである場所にも敵兵がいる。NORMAL以上では2人に増えるため、遠目から素早く対処するのがよい。エマは体力ゲージも少ないため、一緒にいる場合の戦闘は避けたい。エマがやられてしまっても当然ゲームオーバー。
また、連絡橋への出口に差し掛かったところでも出口の通路から敵兵士が現れる。エマを待たせて遠距離から倒すか、予め一人で出口付近まで移動して雑誌を置いておくと、勝手に引っ掛かって横をスルーできる。
KL連絡橋[KL connecting bridge]
連絡橋を渡っていくと1人敵兵士が見える。遠目から攻撃するか、ドッグタグを回収するならエマを置いて一人でいったほうが無難。
なお、EXTREMEでは中央棟の屋上から敵兵士が監視しているので要注意。
南側に向かい、燃えている場所を冷却スプレーで消化したらL脚へ。ロックが掛かっているがエマがカードLv5を持っているため開くことができる。
L脚汚水処理場[Strut L Sewage Treatment Facility]
敵兵士の数は難易度共通で2人。
入ってすぐ内部を見渡せば2人とも背中を向けて立っているので、その隙に対処。ドッグタグを回収するなら2人とも眠らせて冷却スプレーを使って起こすのが無難。
エマを連れて奥のハッチまで進むとイベント発生。
L脚下部オイルフェンス[Strut L Oil Fence]
イベントが終わるとエマが1人でオイルフェンスを渡るのを助太刀する狙撃イベントが発生する。
狙撃イベント
PSG1とサーマルゴーグルを使う。ノーキルクリアを目指すならPSG1-Tを使用。
敵兵に見つかりやすいが、クリアリザルトの危険フェイズ回数にはカウントされないので見つかったからといってリセットする必要はないので安心。
EASY以上
まずはサーマルゴーグルを装備した状態でエマの前方をPSG1のスコープで覗く。
クレイモア地雷が設置されているため、エマが通る前に狙撃しなければならない。
次に一番左の塔の上層、二番目の塔の下層にいる敵兵士も倒しておく。さらにNORMAL以上の場合、3つ目のフェンスにもクレイモアが仕掛けれているので要注意(NORMAL=2個、HARD=3個、EXTREME=6個）。
破壊するタイミングはエマが最初のフェンスを渡っている時か、1本目の塔の裏に回った時がおすすめ。
EXTREMEの場合はクレイモアが分かりづらい位置に設置されていて、一番奥と手前からでないと見えないクレイモアがそれぞれ1つ存在するので、自分の位置を移動して確認する必要がある。
スネークから無線が入ったら助けてもらえる。
使っても使わなくてもいいが、難易度が高くなるとスネークからの無線が遅くなり、HARD以上では期待できない。スネークの援護範囲は「スコープの視界内」と言われるが、実は双眼鏡やデジカメでもOKで、これらだと全景をカバーしてくれる。ただし自身の狙撃ができないので基本的には自分で狙撃するのがいい。
エマがフェンスを渡り終え、最初の塔に接近すると、塔の後ろから3人の敵兵が出現する。左上、右下、左下の順で出現するので素早く狙撃。
NORMAL以上の場合、エマが塔の裏に回ると上層に敵兵が出現する。倒しておかないと発見されてしまうので注意。ここを素早く対処すると時間が余るので、3つ目のフェンスに設置してあるクレイモアを破壊しておく。
エマが2番目のフェンスの半分くらいまで進むと、2本目の塔に左上、右下、左下と3人の敵兵士が出現するので順番に狙撃。
また、NORMAL以上の場合はエマが塔の裏に回ると上層に敵兵士が出現するので狙撃。
エマが夕日の近くまで移動するとイベント発生。ペンタゼミンが少ない場合はわざと使い切っておくとPSG1を解除したときに配置されているので補充しておく。
余談だがエマが最後の塔の裏側にいる間に指向性マイクを向けると、敵兵士と会話しているのを盗聴できる。その正体はジョニー佐々木。前作シャドーモセス事件ではスネークが捕らわれていた独房の監視をしていた男だが、本作では姿は見ることができず、ここで指向性マイクを向けない限り出番はない。
VERY EASY
クレイモア地雷は設置されておらず、敵兵士は4人少ない。
ヴァンプ（狙撃）
ペンタゼミンで手ぶれしないようにするのがおすすめ。
スコープの倍率を最大まで拡大してヴァンプの頭（額）を狙う。エマに当たるとLIFEが減るので要注意。
ノーキルクリアを目指すならPSG1-Tを使うしかないが、ヴァンプのスタミナがかなり高いので苦労する。PSG1-Tの弾は一度に5発しか手に入らないため、弾薬の出現するマップ上側で狙撃するのがおすすめ。
ヴァンプを倒したらイベントが発生。自動的にE脚まで移動する。
E脚集配場[Strut E Parcel Room, 1F]
エマの体力を示す制限時間が発生する。とはいえ敵兵士もほとんどいないため時間はたっぷりある。
音楽を聴いている敵兵士がいるためドッグタグを回収すなら忘れずに。難易度によって場所が異なる。
またカードLv5を持っているので下層の北側の部屋に入ることができ、1周目だとデジタルカメラが入手できる。
EF連絡橋[EF connecting bridge]
サイファーがいるので破壊して中央棟へ。EASY以上では橋が抜け落ちているので張り付いて移動。
シェル1中央棟1F[Shell 2 Core, 1F]
敵兵士はいないので北側のエレベーターへ。勝手に開いているので乗り込めば制限時間が終了してイベント発生。
いよいよストーリーは終盤へ。