G脚外周～シェル2中央棟B1
G脚外周[Strut G perimeter]
抜け落ちる床があるので止まらずに進む。
LG連絡橋[LG connecting bridge]
足場がない床は壁に張り付いて横移動、2つ目はエルードで進む。
EASY・NORMAL・HARD・EXTREME
LG連絡橋に下りるとL脚から敵兵士が出現。EASYは1人、NORMAL以上は2人。
ドッグタグの入手もできないので出現したら早々に遠目から攻撃して倒してしまうのが無難。
L脚外周[Strut L perimeter]
敵兵士がL脚内部を巡回しているため視界に入ると見つかってしまう。見つかると中から攻撃してくるだけでなく外からサイファーも来るので厄介。
ホフクするかしゃがみ込みで移動しつつ、途中で床が抜ける場所もあるのでなるべく一気に通り抜けてしまいたい。
ノックでおびき寄せたり、思い切って窓から攻撃してしまうのもアリ。
窓が付いている箇所を抜けると壁に張り付きながらしゃがまないと通過できない箇所がある。
高難易度だと後からサイファーが近づいてくることもあるので渡り始める前に主観でサイファーがいないか確認するとよい。
その先に行くと屋上から用を足す敵兵士が出現。普通に通過すれば問題ないが、小ネタを楽しむこともできる。
KL連絡橋[KL connecting bridge]
シェル2中央棟に向かう橋の付近にサイファーが飛んでいるため破壊するかチャフ・グレネードで無効化して進む。
シェル2中央棟へ向かう橋はところどころ床が抜けているためローリングや張り付きなどで移動する。
シェル2中央棟1F 空気清浄室[Shell 2 Core, 1F Air P Purification Room]
中に入るとイベント発生。オルガとソリダスの会話を指向性マイクで盗聴できる。
イベントが終わったら北西の部屋にあるノードにアクセス、エレベーターでB1へ移動。
シェル2中央棟B1 第一ろ過室[Shell 2 Core, B1 Filtration Chamber No.1]
水中に入り、ニキータ（リモコンミサイル）を探す。難易度によって多少場所が変化する。酸素が回復できる場所を使いながら爆弾に気を付けて進む。スタート位置からそこまで離れてはいない。ニキータを入手したら1Fへ。
シェル2中央棟1F 空気清浄室[Shell 2 Core, 1F Air P Purification Room]
ニキータで大統領がいる部屋の配電盤を破壊する。
方法はいくつかあるが、南西のガンカメラが2機設置してある部屋がやりやすい。
ガンカメラを破壊したら部屋内にある箱に上がり、北を向いてニキータを構え、ダクトに向かって発射。
NORMAL以下だと障害物はないので大統領のいる部屋まで簡単に進入できる。大統領に当たってしまうとゲームオーバーなので注意。どうしても大統領が邪魔な場合は一度部屋を出て、隣の部屋で壁をノックすると大統領が壁に近寄ってくるのでやりやすい。
HARD・EXTREME
大統領が装置の前で寝ている。そのままでは当たってゲームオーバーなので、爆発物などを利用して起こし、壁を叩いて誘導しなければならない。
また、大統領はニキータミサイルが室内に入ってくると反応し、ミサイルや電源装置前に走るようになるので要注意。
ちなみにニキータが通れる通風口はガンカメラがある部屋のほか、南側の通路にも2か所ほどある。
共通
配電盤を破壊すれば大統領のいる部屋に入れる。部屋に入るとイベント発生。
大統領からカードLv4と光ディスクを受け取る。
（光ディスクは前作同様、操作中は特に何の意味もない）
最後の大統領命令としてエマを救出するため、再びB1に移動して水中を進む。
シェル2中央棟B1 第一ろ過室[Shell 2 Core, B1 Filtration Chamber No.1]
酸素と水中機雷に気をつけながら奥へ進む。
水中では△ボタンを連打すると酸素が長持ちするので△と○を連打しつつ泳ぐと進みやすい。また水中で方向転換したいときはR1で主観視点にすると早くできる。
途中、扉を開けるところがあり、爆発によって亡くなったスティルマンに遭遇。ちょっとドキッとする演出。
奥まで進むと階段がある。
シェル2中央棟B1 第二ろ過室[Shell 2 Core, B1 Filtration Chamber No.2]【ボス戦】
室内に入るとイベント発生。ヴァンプが待ち伏せしており戦闘になる。
ヴァンプ
水に落ちるとゲームオーバーだがヴァンプは泳げる。
泳いだ後に地上に上がってくるが、地上か更にその上層のどちらかに現れる。
攻撃はスティンガーがおすすめ。
まずはスティンガーで先制攻撃。ヴァンプが水中に潜った隙に四つの照明を全て破壊しておくといい。
ヴァンプが水中にいる時も攻撃は当たるのでM4などで追撃。スタミナを減らしたいときはM9、あるいは爆発物を水中に投げ込む（RGB6やスティンガーを水中にぶつけて爆破させると酸素ゲージが減って早く上がってくる）。
ヴァンプが水中にいる間はロックオン射撃(L1)が有効だが、上部にいる時はロックオンした状態では弾が当たらなくなるので、L1を押さずに完全にマニュアルで狙わなければならない。ナイフは銃撃で弾くことができる。
雷電と同じ層にヴァンプが飛び出てくると、歩いて（後半は走って）追いかけてくる。難易度が低いほど飛び出てきた時は隙だらけで、スティンガーなどの爆発物を当てると衝撃と共に水中に戻る。
スタミナキルの場合はM9を当てるチャンス。しかし、爆発物以外を当てた場合は水中に戻らず追いかけてくる。この時はエルードして、ヴァンプが攻撃してきたら上に上がることで回避可能。再度追いかけてきたらエルードを繰り返す。
ヴァンプのライフが少なくなると水中に潜らなくなる。素早く移動を繰り返した後、ナイフ攻撃をしてくる。チャンスは「ナイフを投げる瞬間」しかないので、主観射撃で素早く狙えないと勝てない。ただ、スタミナキル狙いの場合、スタン・グレネードでダメージを与えることもできるので、その方がスムーズに倒せる。
EXTREME
普通に倒すより非殺傷のほうが倒しやすい。
エルードを上手く活用する。ヴァンプは雷電がエルード状態を続けているのに気づくと近くに飛んできて歩きだし、しゃがんで斬ろうとしてくる。斬った後に大きな隙ができるため、斬られる瞬間に上に上がってパンチコンボを叩き込むのがおすすめ。
蹴りまで入れば水中に落とすことができる。自動小銃を装備して殴るとダメージが大きくなるので装備しておく。
また、水中を泳いでいる間は爆発物やM9で追撃。ヴァンプはほぼ確実にナイフ投げと接近攻撃（走ってくる攻撃）を繰り返すが、どちらもエルードをし続けると一度退避した後、歩いてくるようになるのでパターンで倒すことができる。
共通
ヴァンプを倒したら奥へ進む。
再び水中になるが迷う程でもなくすぐに階段に着ける。ちなみに途中でボディアーマーがあるので入手しておく。
階段を上がって室内に入るとノードがあり、ロッカーを開けるとエマと合流、イベント発生。
ちなみに他のロッカーにもいくつかアイテムがあるので入手する場合はエマがいるロッカーを開く前に回収しておく。
エマを連れて元来た水中を戻る。エマは酸素ゲージが短く△ボタンでの我慢もできないため無理せずこまめに回復したほうが無難。
シェル2中央棟B1 第一ろ過室[Shell 2 Core, B1 Filtration Chamber No.1]
水中を抜け、エレベーターのところまで戻ってくるとエレベーター前に大量のフナムシがいる。
雷電は問題ないがエマはフナムシを嫌って付いてきてくれないため、M9で眠らせて引きずるのが無難。1Fへ。