F脚倉庫～シェル1シェル2連絡橋
E脚→F脚倉庫[Strut F warehouse]
ファットマンを倒すと謎の忍者が登場。イベントが発生。
忍者からシェル1で使用する変装用の野戦服とカードLv2・携帯電話を受け取る。
シェル1で変装用に使用するAKS-74Uを入手する必要があるため、F脚倉庫へ向かう。
F脚に着いたら下層部の北にある倉庫がLv2で入れるようにため、そこにあるAKS-74Uを入手する。
なお、上層部にもLv2で入れる部屋があり、M4やC4を入手することができる。
EXTREME
AKS-74Uのある倉庫内に敵兵士が1人いるので要注意。
EF連絡橋[EF connecting bridge]
3機のサイファーがいるのでSOCOMなどで破壊するか、チャフ・グレネードを使って無効化する。
中央棟への通路は床が抜け落ちるため止まらずに走り抜けるかローリングで通過。
中央棟へ入る前に野戦服とAKS-74Uを装備、変装してからシェル1中央棟へ。
シェル1中央棟1F[Shell 1 Core, 1F]
変装していると敵兵士にも監視カメラにも見つからないので楽に行動できる。
ただししゃがみ込み、ホフク、AKS-74U以外の武器を持つなどをするとすぐに見つかってしまう。
ノードは南側の東西を結ぶ部屋の北部にある。同じ室内にロッカーがたくさんあるのでアイテムも入手しておく。
エレベーター前以外の監視カメラは破壊できるのでしておいたほうが無難。
北部のエレベーターに乗る。目的地はB1だが先にマイクを入手するためB2へ移動する。（エレベーター前に監視カメラがあり、変装していないと危険フェイズになる。破壊不可。）
シェル1中央棟B2 電算室[Shell 1 Core, B2 Computer Room]
エレベーターホールを南へ行くと電算室。電算室の外周に1人敵兵士がおり、途中で短いカットが入った後に走り出す。
電算室内の北部にノードがあり、オウムの横に指向性マイクがあるので入手する。
電算室内はやや狭く、敵兵士にぶつかると変装している装備が外れてしまうので要注意。
ドッグタグを集める場合は一度すべての敵兵士を眠らせてから順番に冷却スプレーで起こしたほうが無難。
シェル1中央棟B1[Shell 1 Core, B1]
ノードは東側の部屋にある。
エイムズら人質がいる集会場に入るためには網膜スキャンを通過しなければならない。
敵兵士を生かしたまま（起こしたまま）スキャンの近くまで引きずっていくと成功する。
一番やりやすいのは敵兵士が網膜スキャンの前に立つタイミング。AKS-74Uを外して背後に立ち、□ボタンを押して拘束するとそのまま網膜スキャンを読み込ませるカットになって成功する。
ただし難易度が上がると網膜スキャンの前で立ち止まらないので背後から引きずっていくしかない。
シェル1中央棟B1 集会室
指向性マイクを使ってエイムズを探す。
指向性マイクを装備した状態で△ボタンを押すと人質に話しかけることができる。エイムズはペースメーカーの音が聞こえるが、実は外見でも判断できる。後ろ髪が少し長い濃い茶髪の白人男性で、1周目は必ず南西にいる。
エイムズ以外の人質に話しかけると騒ぎだし、近くに敵兵士がいると見つかりやすいので危険。また、巡回している敵兵士や無線兵に見つかると即ゲームオーバー。HARDでは1人、EXTREMEでは4人の巡回兵が追加される。無力化したい場合は雑誌を利用するしかないが、変装したまま主観でエイムズの外見を探せばいいので、それが一番早くて無難。
ちなみに集会室の西側、スピーチ台に赤外線ゴーグルが置いてある。
エイムズを見つけるとイベント発生。途中、指向性マイクを使ってソリダス、オセロット、オルガの会話を盗聴する。マイクを左右に振って聞こえやすいポイントを移動しながら盗聴できる。
イベントが終わるとオセロットが近づいてくるため、制限時間内にAKS-74Uを装備する。
その後はマスクを剥がされ窮地に追い込まれるが、謎の忍者が出現して助太刀。集会室から脱出する。
なお、イベントにてエイムズからカードLv3を入手する。
シェル1中央棟B1
操作できるようになると強制的に警戒フェイズになる。
野戦服の変装も効果が無くなるので他の装備でOK。B1は狭いため見つかると厄介。西側の部屋から敵兵士が1人歩いてくるが、その前にエレベーター近くの敵兵士が背を向けたところでホールドアップするか後ろから倒し、ノードのある部屋で警戒解除を待ってから1Fへ移動するのが無難。
シェル1中央棟1F[Shell 1 Core, 1F]
変装が使えないので遠目から攻撃してしまうのが無難。
D脚からシェル1シェル2連絡橋を目指すが、そこでセムテックスを破壊するためにPSG1が必要になるため、先にF脚倉庫へ向かう。
F脚倉庫→E脚→D脚
F脚倉庫では上層の東側の部屋でPSG-1を入手する。
ちなみに同じ部屋の東側にホフクで入れるダクトがあり、突き当りまで行くと麻酔式狙撃銃PSG1-Tが入手できる。またカードLv3があることで入れる部屋も増え、上層北西の倉庫ではRGB6（グレネードランチャー）が、上層南西の倉庫からグレネードなどが入手できる。
武器を入手できたらE脚からD脚へ向かい、北側のカードLv3で開く扉からシェル1シェル2連絡橋へ。
シェル1シェル2連絡橋[Shell 1-2 connecting bridge]
赤外線センサー（セムテックス）が設置してあるため制御装置を全て破壊しないと進めない。
難易度によって制御装置の数と位置が異なる。主観で見える範囲ではSOCOMでも破壊できるが、遠距離の制御装置はPSG-1で破壊する。
失敗しやすいのは上空を飛ぶサイファーの上部に設置されているもの。サイファー本体を破壊するとゲームオーバーになるのでサイファーが止まったときを狙う。手ぶれがあるとかなり難しいため、ペンタゼミンを使ったほうが早い。
V.EASY・EASY・NORMAL
VERY EASY=6個、EASY=8個、NORMAL=10個設置されている。
NORMALで見えづらいのが旗の裏。風でなびく時にチラッと見えるので位置を確認してPSG-1で破壊する。
HARD
NORMALと同じ10個に加えて2個、合計12個ある。
1つは連絡橋の下層にある。左端から背伸びをすると見える。もう1つは連絡橋の階段を下りてセンサーギリギリまで近づき、右下を見るとD脚側に設置されているのが見える。
EXTREME
NORMALの10個、HARDの2個に加えて更に2個、合計14個ある。
1つは1機増えたサイファー。もう1つは旗の右側の壁（シェル２入り口）にある。一番左側から観察すると緑のランプが光って見える。
共通
制御装置を全て破壊すると短いカットが入る。
シェル1シェル2連絡橋【ボス戦】
赤外線センサーを超えると無線連絡が入り、ソリダスが乗るハリアーとの戦闘になる。
ハリアー2
スネークが落としてくれたスティンガーを入手して戦う。
戦闘開始直後のハリアーはホバリングを続けていて隙があるので、予備弾薬の入手は後回しにしてとにかくスティンガーを撃ち込む。
ハリアーが遠距離に逃げたら、逃げた方向を向いてスティンガーを構えて待ち、ターゲットが出たらすぐにスティンガーを発射。スティンガーを発射したら装備を外して逃げられるようにする。
ハリアーが機銃を撃ってきたら上層のタンクか下層の壁などに隠れる。
ハリアーが噴射熱で焦がそうとしてきたら、下層に逃げるか中央でエルードするとよい。
ハリアーの攻撃パターンは決まっているため、確実に狙ってダメージを与え、近づいてきたら無理せず隠れるのが無難。
LIFEやレーションに余裕があればダメージ覚悟で近づいてきたところにスティンガーで応戦してもいいが、1～2発当たったら隠れたほうがいい。
なお、両翼についているポッドを狙うと連射能力を低下させることも可能。
中盤に放つクラスター爆弾は下層にいればダメージを受けない。
下層へは階段から下りずに、中央でエルードして飛び下りると早い（ただし穴の真下にいるとダメージを受けるので注意）。
後半に使用してくるアムラーム（ホーミングミサイル）は飛んでくる方向に対して盾となる壁を探して回避。
基本的にはハリアーの攻撃をかわしながら、その隙にスティンガーを撃ち込んでいけば倒せる。
EXTREME
ハリアーの遠距離射撃はHARD以下と違い、ミサイルも一緒に飛んでくる。
タンクに隠れているだけだとダメージを受けることがあるので、エルードの無敵時間を利用して避けたほうがいい。
スティンガーを撃った後、タイミングよく手すりでエルードするだけだが、エルードが早すぎるとダメージを受けるので、ある程度引きつけてからエルードするといい。
慣れるとハリアーの遠距離射撃は楽に避けられるようになる。アムラームも同様の方法で回避できる。
難しいのが銃の連射とロケット弾の連射。これらはHARD以下と同じようにシェル2の入り口にある壁に張り付いてしゃがんで回避するのがおすすめ。ただし移動中などにダメージを受ける可能性も高いので、なるべく早くハリアーにダメージを与え、回数を重ねないうちに倒したほうが攻略しやすい。
共通
ハリアーを倒したらシェル2に向かう。
戦闘終了後、左側に燃えている箇所があるので近づくと携帯電話が鳴る。冷却スプレーを使うと消火できる。階段を下るとレーションが置いてあるが、壊れかかった階段でのんびりしていると落ちてしまう。素早くおりて素早く戻る。
シェル2へ行くには連絡橋が破壊されているため2つのルートを選ぶ。
1つは元いた場所からローリングで飛び移る方法。タイミングと距離感が難しいので最初は落ちてしまう可能性が高いため心配なら要セーブ。こちらから行くとAKサプレッサーが入手できる。
もう1つは東側の手すりでエルードしてパイプに下りる方法。そのまま先へ進めるが、鳥の糞で滑ると落下死するので注意。ゆっくり歩くか、最も安全な方法はホフク前進。